生物堿分離的方法有兩種，分別為：
1、利用堿性差異進行分離：將總生物堿溶于氯仿等親脂性有機溶劑，以不同酸性緩沖液依pH由高至低依次萃取 ， 生物堿可按堿性由強至弱先后成鹽依次被萃取出而分離，分別堿化后以有機溶劑萃取即可 。
【如何進行生物堿的分離】2、利用溶解度差異進行分離：利用氧化苦參堿極性稍大難溶于乙醚，苦參堿可溶于乙醚的性質，將苦參總堿溶于氯仿，再加入10倍量以上的乙醚，氧化苦參堿即可析出沉淀 。
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