1、最后J哥把A哥殺了 ， 后來才知道A哥把他女兒保護在一個地方，J的妻子不是被A哥殺的，是被特種部隊員殺的，才知道A哥是好人 。
2、本作中主角不再是Alex(在本作擔任最終Boss;邪惡向)，而換成了一個妻子女兒(女兒并未死)雙亡誓要殺死Alex的特種兵——“James Heller” 。本作中 ， Alex將Heller感染，讓其擁有自己的吸收能力，并欺騙Heller黑色守望才是幕后主使，是他們殺死Heller的親人，試圖利用Heller的復仇完成自己的邪惡大計 。在Heller的勸說下，Heller的”神父“選擇幫助Heller復仇從而消滅幕后主使，并與線人“雅典娜”重新建立聯系 。
3、在吸收科納克博士(記不太清楚，就是第一個被殺的進化體)后，主角從記憶中發現其實Alex才是幕后主使 。從而開始將自己的目標重新轉換為Alex 。不久”神父“被Alex的進化體手下殺死 。親之如父的”神父 “死亡，深愛之至的妻子女兒的死亡，讓Heller的胸腔充滿怒火，這時候線人“雅典娜”與Heller聯系，讓Heller到紅區去找她 ， 并且告訴他，他的女兒并沒有死 。Heller突然聯想到自己并未看見女兒的尸體，心中存有希望，趕去紅區 。
【虐殺原形2大結局】4、趕去紅區，找到了線人“雅典娜”，經過一系列交談，Heller得知黑色守望正在準備“火鷹計劃” ， 企圖將整個紅區肅清，而如果任其如此，會危及到自己在紅區某處的女兒 。就這樣，Heller破壞了“火鷹計劃” 。之后Heller便去消滅黑色守望的最高指揮官 ， 但在這過程中 ， Heller從指揮官與他人的通話中得知，指揮官也有自己的妻室和女兒 ， 這讓他聯想到自己的遭遇，被愛奴隸而不忍下手，最終選擇放過指揮官 。之后指揮官為了報Heller的不殺之恩(也有被父愛感動，與Heller產生共鳴的影響)幫助Heller找到他的女兒 ， 并掩蓋真相殺死了自己的兩個手下 。但卻沒想到簡塔克的負責人(暫稱戈洛瓦) 成為了Alex的手下，變成進化體并搶先一步劫持了Heller的女兒 。親眼見到女兒被傷害的Heller終于爆發，仰天怒吼 。Alex此時的已經注定滅亡 。
