1、目前海洋藍洞的成因有兩種類型，即石灰巖溶洞成因與珊瑚礁生長結構成因 。
【海洋藍洞會在哪種巖石結構中形成】2、所謂石灰巖溶洞 ， 即冰川時期因海平面降低，石灰巖受到溶蝕作用 ， 在下部發育成為大型的空洞（類似溶洞），當溶蝕空洞越來越大，就造成了頂部塌陷而形成一個邊緣陡峭的大洞，稱為落水洞 。
3、當冰川期結束之后，海平面上升，海水重新灌入這個落水洞，便成了大家看到的“藍洞” 。這一類型的藍洞存在大量石筍、石鐘乳等，裂隙發育，往往形成若干個與外海水相連的通道 ， 洞內水體與外海水存在一定交換，洞底還可能有石灰巖壁或洞頂發生侵蝕坍塌掉落的大量產物 。著名的伯利茲大藍洞就屬于這種類型 。
