蛋白質的分子結構可劃分為四級，一級結構：組成蛋白質多肽鏈的線性氨基酸序列 。二級結構：依靠不同氨基酸之間的C=O和N-H基團間的氫鍵形成的穩定結構，主要為α螺旋和β折疊 。三級結構：通過多個二級結構元素在三維空間的排列所形成的一個蛋白質分子的三維結構 。四級結構：用于描述由不同多肽鏈(亞基)間相互作用形成具有功能的蛋白質復合物分子 。
【什么是蛋白質的空間結構 蛋白質的空間結構是什么】蛋白質分子是由氨基酸首尾相連縮合而成的共價多肽鏈，但是天然蛋白質分子并不是走向隨機的松散多肽鏈 。每一種天然蛋白質都有自己特有的空間結構或稱三維結構，這種三維結構通常被稱為蛋白質的構象，即蛋白質的結構 。
蛋白質的空間結構包括二級結構、三級結構以及四級結構，蛋白質分子的多肽鏈是依照一定方式折疊并且盤繞成獨特的空間結構，又稱為蛋白質的高級結構或者構象 。
蛋白質的空間結構是以它的一級結構為基礎的 。蛋白質的一級結構是指蛋白質分子肽鏈中氨基酸的數目、種類與排列順序，也是蛋白質最基本的結構 。
肽鏈我們可以理解為一條線串成的一串珠子，就是一條線，沒有具體的形狀，空間結構就是這條線盤繞成什么形狀，有時，還需要在兩顆珠子之間加一個二硫鍵，讓它的形狀更加穩定，蛋白質并不只有一條肽鏈，那么空間結構也不僅僅只包括一條肽鏈的折疊情況，還包括不同肽鏈的組合情況 。
蛋白質的空間結構主要是依靠氨基酸側鏈的疏水相互作用、范德華力和鹽鍵、氫鍵維持的，肽鍵維持的是平面結構 。
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